Во время первого нападения Ангела, когда Синдзи прибывает в Токио-3, отец требует от него, чтобы тот немедленно приступил к пилотированию Евангелиона, — секретного человекоподобного робота. Но увидев, что единственным человеком, способным пилотировать робота, оказывается тяжело раненая Рэй Аянами, Синдзи соглашается занять место пилота. Обрушившаяся на Землю катастрофа, впоследствии названная Вторым ударом, погубила большую часть человечества. Синдзи испуган и отказывается сесть в машину. 14-летний подросток Синдзи Икари получает от отца, командующего секретной военной организации NERV, приглашение в город-крепость Токио-3. После многих лет, ушедших на восстановление после этого ужасного бедствия, на человечество неожиданно нападают загадочные существа, называемые Ангелами