Во время первого нападения Ангела, когда Синдзи прибывает в Токио-3, отец требует от него, чтобы тот немедленно приступил к пилотированию Евангелиона, — секретного человекоподобного робота. 14-летний подросток Синдзи Икари получает от отца, командующего секретной военной организации NERV, приглашение в город-крепость Токио-3. Но увидев, что единственным человеком, способным пилотировать робота, оказывается тяжело раненая Рэй Аянами, Синдзи соглашается занять место пилота. Синдзи испуган и отказывается сесть в машину. После многих лет, ушедших на восстановление после этого ужасного бедствия, на человечество неожиданно нападают загадочные существа, называемые Ангелами. Обрушившаяся на Землю катастрофа, впоследствии названная Вторым ударом, погубила большую часть человечества