Но оставшихся в живых впереди ждут еще более страшные испытания. Синдзи, Асука и Рэй пилоты, у которых складываются крайне непростые отношения. Прошло 15 лет после загадочной глобальной катастрофы, поставившей человечество на грань выживания. Единственное оружие на планете, способное им противостоять роботы серии Евангелион, созданные при помощи передовых биотехнологий. Но именно от них зависит судьба планеты и разгадка тайны зловещих Ангелов. Землю атакуют Ангелы загадочные гигантские существа, появившиеся неизвестно откуда. Правда, сражаться с помощью этих огромных машин способны только те пилоты, которые могут полностью синхронизировать себя с роботом и управлять Евангелионом как собственным телом. Эти уникальные бойцы обучаются и живут в секретном подземном городе Токио-3, штаб-квартире организации NERV, возглавляющей защиту Земли от вторжения