Предосторожность оказывается не напрасной — три года спустя Мегатрон объявляется снова и приносит с собой Тёмный Энергон, с помощью которого рассчитывает отомстить за прошлое поражение. Автоботы опять вынуждены взяться за оружие. Они подружились с несколькими земными подростками, и теперь команда роботов и людей сражается, чтобы защитить Землю от десептиконов. Уверенные, что опасность миновала, автоботы, тем не менее, оставляют на Земле небольшую группу защитников под руководством Оптимуса Прайма