Предосторожность оказывается не напрасной — три года спустя Мегатрон объявляется снова и приносит с собой Тёмный Энергон, с помощью которого рассчитывает отомстить за прошлое поражение. Автоботы опять вынуждены взяться за оружие. Уверенные, что опасность миновала, автоботы, тем не менее, оставляют на Земле небольшую группу защитников под руководством Оптимуса Прайма. Они подружились с несколькими земными подростками, и теперь команда роботов и людей сражается, чтобы защитить Землю от десептиконов