Волею случая в непосредственной близости от станции обнаруживается пространственная аномалия — коридор, связывающий Бэйджор с Гамма-квадрантом галактики. Действие сериала разворачивается в 2369-2375 годах на космической станции «Дальний Космос 9», находящейся на орбите только что освобожденной от оккупации Кардассианской Империи планеты Бэйджор. Совершенно неожиданно через аномалию на орбиту Бэйджора вступают войска нового врага — Доминиона. Станция «Глубокий Космос 9» под командованием Бенджамина Сиско фактически оказывается на передовой военных действий и становится главной опорной точкой войск Федерации и ее союзников…. Это открытие превращает «Глубокий Космос 9» из фактически бесполезной станции в торговый центр