Но на Земле почти успели забыть о произошедшем и начали воспринимать войну с JAM как сюжет фантастического романа. Совместными действиями стран мира и ООН вражеские силы были вытеснены на родную планету Фею, где продолжают идти военные действия. «Вьюга» и Рэй входят в состав 5-го подразделения Специальных Воздушных Сил (SAF), которые являются частью FAF — Воздушных Сил Феи. Действие происходит в недалёком будущем, через 33 года после того, как через гиперпространственный переход на Землю вторглись пришельцы, которых называют JAM. Тем временем JAM научились не только копировать технологии землян, но также предприняли попытку проникнуть в FAF, ставя под угрозу пребывание людей на Фее. Главный герой, лейтенант Рей Фукаи, является пилотом «Вьюги», истребителя с уникальным интеллектом, высокой боевой мощью и маневренностью. Необычные способности «Вьюги» и Рэя могут стать последней надеждой закончить войну