Теперь трио злодеев охотится за камнем Голубая Вода и его хранительницей Надей, ещё не знающей, что за артефакт она носит. 1889 год. Выжившие разбились на две враждующие секретные организации — Нео-Атлантис, возглавляемый бунтовщиками, пользующийся поддержкой императора Нео и ставящий целью захват мира, и Наутилус, возглавляемый королём Тортеса, Немо. 13 лет назад в королевстве Тортес произошёл государственный переворот, в ходе которого было уничтожено древнее оружие под названием Вавилонская Башня, управлявшееся одним из камней Голубая Вода и способное истребить всё живое на земле. Вместе с оружием погибло и королевство