Третий сезон продолжает основную сюжетную линию фильма. Похоже, Тидори Канаме уже ничего не угрожает, и командование чем дальше, тем больше задаётся вопросом: какой смысл держать возле девушки Сагару, который нужен для боевой работы и испытаний «Арбалеста»? Главные герои тем временем заканчивают школу. «Мифрил» делает своё обычное дело, противодействует террору и экстремизму, помогает гасить локальные конфликты. Сагара впервые задумывается: что же он будет делать дальше? Каким он хочет видеть своё будущее?