По случайности в эпицентре этой войны оказался подросток, Кира Ямато. Дети с измененными генами были быстрее, сильнее, намного умнее. Сражается за то, чтобы прекратить бессмысленную войну. Чтобы защитить своих друзей, он становится пилотом управляемого боевого робота GUNDAM. Человечество нашло способ настолько хорошо усовершенствовать организм на генном уровне, что подопытные превосходили обычных людей по всем параметрам. Началась война между Координаторами, людьми с измененным генным кодом, и Натуралами, получившими свои способности от природы. Люди никогда не любили тех, кто сильно от них отличается. Сам Координатор, Кира не придает значения различию между Координаторами и Натуралами, и сражается на стороне тех, кого любит