По случайности в эпицентре этой войны оказался подросток, Кира Ямато. Чтобы защитить своих друзей, он становится пилотом управляемого боевого робота GUNDAM. Сражается за то, чтобы прекратить бессмысленную войну. Началась война между Координаторами, людьми с измененным генным кодом, и Натуралами, получившими свои способности от природы. Дети с измененными генами были быстрее, сильнее, намного умнее. Сам Координатор, Кира не придает значения различию между Координаторами и Натуралами, и сражается на стороне тех, кого любит. Человечество нашло способ настолько хорошо усовершенствовать организм на генном уровне, что подопытные превосходили обычных людей по всем параметрам. Люди никогда не любили тех, кто сильно от них отличается