Давным-давно, когда пирамиды были ещё молоды, правители Египта забавлялись тем, что устраивали между собой магические поединки, которые получили название «Игры теней». Он сумел собрать «Тысячелетнюю головоломку» древнеегипетский артефакт, который когда-то нашёл в экспедиции его дедушка
. Весь мир увлечён «Duel Monsters», карточной игрой с использованием компьютерных технологий, аналог «Игр теней». Школьник Юги Муто является лучшим игроком, но мало кто знает его тайну. Прошло 3000 лет. Тогда могущественный фараон заточил эту силу внутри таинственных «Тысячелетних артефактов» ценой своей жизни и шести жрецов. Это привело к освобождению огромной тёмной энергии, способной уничтожить весь мир