Весь мир увлечён «Duel Monsters», карточной игрой с использованием компьютерных технологий, аналог «Игр теней». Это привело к освобождению огромной тёмной энергии, способной уничтожить весь мир. Он сумел собрать «Тысячелетнюю головоломку» — древнеегипетский артефакт, который когда-то нашёл в экспедиции его дедушка…. Тогда могущественный фараон заточил эту силу внутри таинственных «Тысячелетних артефактов» ценой своей жизни и шести жрецов. Давным-давно, когда пирамиды были ещё молоды, правители Египта забавлялись тем, что устраивали между собой магические поединки, которые получили название «Игры теней». Прошло 3000 лет. Школьник Юги Муто является лучшим игроком, но мало кто знает его тайну