Через 2 года в Японию возвращается Коджи Кабуто (Kouji Kabuto) — молодой человек, исследующий летающие тарелки и пытающийся вступить с ними в контакт. Спасаясь от сил Веги, Дюк попадает в солнечную систему, где изменяет курс в сторону Земли и совершает посадку в Японии. Однако, летающими тарелками оказался боевой флот с планеты Вега. Поэтому, для расширения империи и нахождения подходящей планеты для заселения, беспощадный король Вега развязывает войну против ближайших соседей — высокоразвитой, но мирной планеты Флид (Fleed). Планета Вега, вследствие использования высокоэнергетического, но радиоактивного вещества вегатрон, становиться нестабильной. Однако, атака захватчиков оборачивается против них самих — вся планета превращена в радиоактивную пустыню. Доктор представляет его местным жителям как своего сына Дайсу (Daisuke) и помогает принцу спрятать спейсер. Для спасения Коджи и защиты своей новой родины Дайсу приходится использовать Грендайзер…. Выжившему представителю королевской династии принцу Дюку Флиду (Duke Fleed) удается похитить самое грозное оружие планеты Вега — Грендайзера (человекоподобного боевого робота, способного к объединению с носителем — спейсером). Здесь он знакомится с доктором Омоном, который контролирует работу исследовательской лаборатории