Всё вновь зависит от гениального инженера-строителя. Сару арестовывают за убийство матери Майкла и отправляют в тюрьму, и она все ещё носит его ребёнка под сердцем. В фильме задействована большая часть героев сериала: Майкл, Линкольн, Сара, Сукрэ, Бэгвел, Махоун и… Грэтхен. На сей раз всё меняется местами: тюремный врач становится заключённым, а Майкл остаётся на свободе. Каков же будет исход и финальный побег?