Сюжет развивается в ближайшем будущем в Токио. Доктор Козабуро Намбу из Международной научной организации собирает вместе пять супергероев ниндзя, известных под общим названием «Гатчамен», чтобы остановить эту организацию…. Террористическая организация объявила войну всему миру. Она владеет более продвинутыми технологиями, чем любые правительства и оккупировала более половины планеты