У берегов острова Гуам при невыясненных обстоятельствах потерпела крушение американская подводная лодка. Только им под силу справиться с разгневанным Годзиллой. Чтобы подтвердить или опровергнуть утверждение адмирала, его дочь Юрико, репортер популярной телепрограммы, пытается выяснить, что скрывается за тремя совершенно различными происшествиями, которые случились в трех разных районах страны. Адмирал Татибана убежден, что катастрофа произошла по вине Годзиллы, короля всех монстров, и что спустя почти полвека после первого нападения на Токио Годзилла возвращается, чтобы уничтожить Японию. Она знакомится со стариком Исаямой, и он рассказывает Юрико о трех монстрах, контролирующих небеса (Кинг Гидора), морские просторы (Мотра) и земное пространство (Барагон)