Альтернативная реальность, соответствующая началу XX века. В руках девочки по имени Сита находится Летающий Камень. Пытаясь скрыться от преследователей, Сита встречает Падзу, своего ровесника, работающего в шахтерском городке. Вместе дети выясняют, что Камень — ключ к таинственному летающему острову Лапуте. За ним охотятся агенты правительства и пираты, потому что Камень представляет огромную ценность